Boa tarde Jessika!
Sim; o fato gerador para fins de retenção/composição de base do imposto de renda é sempre a data da pagamento do rendimento (independente se salario, férias, rescisão, etc). No caso, se a data de pagamento informada nas férias foi abril/2023, fez parte do período de apuração abril/2023, sendo recolhida até 19/05/2023 (se no seu sistema houver a impressão do Darf antigo, simule a geração apenas para conferência, provavelmente este valor estará lá junto às demais retenções). O correto agora seria atualizar o vencimento para junho, considerando os juros incidentes desde 19/05.