Bom dia!
Sugiro primeiramente (se já não fez) verificar com o cliente para lhe fornecer a guia que ele diz ter pago com o comprovante de que pagou, a fim de confrontar se o pagamento realizado realmente foi do débito que foi gerado, pois a RFB agora tem forma de manter em histórico os pagamentos realizados (eCac - Menu 'PAGAMENTOS E PARCELAMENTOS'); e tbm mesmo que tenha sido enviado um movimento na DCTFweb original e posteriormente retificada para 'sem movimento', haveria o indicado de 'declaração retificadora'.
Sugiro isso pq, aqui pelo menos, costumeiramente os clientes fazem certa 'confusão' com as guias em relação a débito do que estão pagando (se sobre folha ou sobre faturamento) e em relação aos periodos apurados tb; quando fazemos essa checagem, quase sempre é por equívoco do próprio cliente (por mais que detalhemos no e-mail, eles não leem rsrs).